Алгоритми за порамнување и пребарување на ДНК секвенци

Stojanov, Done (2015) Алгоритми за порамнување и пребарување на ДНК секвенци. PhD thesis, Универзитет ,,Гоце Делчев" - Штип.

[img]
Preview
Text
ДокторатДоне.pdf

Download (4027Kb) | Preview

Abstract

Предмет на анализа на докторскиот труд се два новопредложени алгоритми за локално порамнување на ДНК секвенци и еден новопредложен алгоритам за ефикасно индексирање и пребарување на масивна ДНК база на секвенци. Со примена на првопредложениот алгоритам за парово порамнување на ДНК секвенци се намалува временскиот и меморискиот трошок за добивање на решение во споредба со алгоритмот на Smith и Waterman, додека со примена на второпредложениот алгоритам се зголемува точноста на порамнување, односно предложениот алгоритам генерира решение во кое се вклучени и базните совпаѓања кои алгоритмот на Smith и Waterman и хевристичните алгоритми (MUMmer, Avid, Glass, Lalign) ги отфрлаат поради намалувањето на резултатот на порамнување кај Smith-Waterman или поради нивна класификација како помалку значајни совпаѓања од страна на хевристичните алгоритми. За да се овозможи ефикасно индексирање на ДНК база на секвенци, предложена е нова формула, со чија примена процесот на индексирање на содржината од ДНК базата на секвенци повеќекратно се забрзува во споредба со современите хеш-базирани пристапи за иста намена, како SSAHA и алгоритмот на Reneker и Shyu. Во однос на претходните алгоритми се намалува и мемориската зафатнина на индексираната податочна структура, како и времето на пребарување на ДНК базата на секвенци по клучен ДНК прашалник. Со примена на предложениот алгоритам за пребарување се овозможува детекција на секое совпаѓање на ДНК прашалник во ДНК база на секвенци, независно од неговата почетна положба во индексираните секвенци, што не претставува случај кај SSAHA и алгоритмот на Reneker и Shyu.

Item Type: Thesis (PhD)
Subjects: Natural sciences > Biological sciences
Natural sciences > Computer and information sciences
Divisions: Faculty of Computer Science
Depositing User: Done Stojanov
Date Deposited: 16 Dec 2015 10:49
Last Modified: 16 Dec 2015 10:49
URI: http://eprints.ugd.edu.mk/id/eprint/14549

Actions (login required)

View Item View Item